Una de las mayores aplicaciones de la biolixiviación se ha encontrado en el campo de los grandes depósitos de material de muy baja ley y que han sido acumulados como desmonte en las operaciones de tajo abierto.

En este sentido la biolixiviación bacteriana acompañada de lixiviación química está siendo aplicada con éxito en Toquepala (Perú) donde los licores de lixiviación de los botaderos de Cuajone y Toquepala son tratados en la planta de extracción por solvente y electrodeposición para añadir 30000 toneladas anuales de cobre a la producción de cobre electrolítico de Southern Perú Copper Corporation.

Por lo demás el proceso de lixiviación bacteriana tiene ya algunos años de aplicación en Cerro Verde (Arequipa) con resultados halagadores. El mayor impedimento a la lixiviación bacteriana ha sido la lentitud del proceso, debido esencialmente a que las bacterias como seres vivientes están sometidos a los embates del medio ambiente y son particularmente sensibles a variaciones de humedad y temperatura extremas. La biolixiviación será más sencilla para las especies nativas siempre presentes en los depósitos, pero estas no se reproducen en gran escala por esto es necesario preparar cepas artificiales en el laboratorio, con las características de las nativas y que son finalmente las bacterias que se regaran sobre el material. En las posibilidades actuales de manipulación genética es de esperarse el nacimiento de bacterias con mejores características.

La lixiviación bacteriana resulta en el reto más importante en el futuro de la Metalurgia, los métodos tradicionales de recuperación de metales deberán dar paso a métodos no contaminantes y la biolixiviación es uno de ellos y que debe responder a la exigencia de un mundo atribulado que clama por un ambiente que no contamine más.